21世紀初頭、ゴジラに蹂躙された人類は、地球を捨て他の惑星に移住するため、遥かな宇宙へと旅立った。 しかし、移民計画は失敗した... そこで、亜空間航行で戻った地球は、遥か2万年後の世界と化し、そこでは、未だ世界の王として君臨する邪悪なゴジラの姿があった。 植物や動物までもがゴジラ化した凶悪な世界で、果たして、ハルオ・サカキ大尉達人類は、無事生き延びることが出来るのか？ そして、無敵のゴジラに対して、決死の作戦が始まった...