電車で行こう！　北海道新幹線と函館本線の謎。時間を超えたミステリー！

ルヒタンシュタイン公国からの招待状！　北陸新幹線で出会ったレオンが、再び日本にやってきた。今回は函館で行われる記念式に参加するためで、飛行機に乗っていくという。北海道新幹線が開通したことを教えると、レオンはT３のみんなを北海道新幹線の旅に招待してくれる。その代わりに雄太たちは、レオンのひいおじいさんが体験したという、50年前に起きた鉄道のミステリーに挑むことに！