ホームズばりの推理力で、大活躍の高校生名探偵・工藤新一。ところがある日、事件を追っていた彼は、妙な薬の力で、なんと子供に戻ってしまった・・・!?仮の名を“江戸川コナン”。小さな名探偵が登場だ!!
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遂に暗号を解いたコナンと高木刑事。だが東京タワーのエレベーターの中に閉じ込められてしまった。しかもそこには爆弾が・・・。コナンは必死でその爆弾の解体を試みる。一方佐藤刑事は、かつて爆弾事件で殉職した松田刑事への思いを胸に、東京都心部全域に及ぶこの爆弾事件の犯人を追いつめる!
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依頼された事件を追ううちに、偶然黒の組織の手掛かりをつかんだコナンは、組織の一員と接触する約束を取り付けて、阿笠博士と共に指定場所である地下鉄の駅へ向かう。だがその途中、博士の車が故障。二人はヒッチハイクをするが、乗った車は逃走中の宝石強盗犯のものだった。コナンは強盗たちに銃を突きつけられるがこれを撃退し、駅へ急ぐ。そこには組織の男と共に、ジンが罠を張っていた。追いつめられ、コインロッカーに身を隠すコナン、絶体絶命のピンチ・・・!!
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都内で三件の連続放火事件が発生した。手口の統一性はないが、現場には必ずドス黒い血のような色で全身を染められた赤い馬の人形が残されていた。「アカウマ」とは、警察の隠語で放火犯のこと。これは捕まえられるものなら捕まえてみろという、犯人からの挑戦状なのか・・・?そして、遂に四件目の事件が起きる。狙われたのは、平次がある調査を依頼されていた、諸積という家だった。燃え盛る炎の中には、またもやあの赤い馬が・・・
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白鳥警部以下、同僚たちの厳しい取り調べ(?)をなんとかごまかし、佐藤と遊園地でのデートにこぎつけた高木。ところがそのデート場所・トロピカルマリンランドでは、麻薬ディーラーによるヘロインの取り引きが予定されていた。だが運び屋は、アトラクションで麻薬の入ったバッグを預けた後、高木のバッグと間違えて持って行ってしまう。バッグの中身に驚いた高木と佐藤は、遊園地に遊びに来ていたコナンたちと一緒に、犯人の捜索を始めるが・・・!?
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大富豪・藤枝幹雄の命を狙っている人物をつきとめたら1000万円出すと依頼された小五郎。楽勝な事件とタカをくくった小五郎は、派手な前祝いで散財するが、結局解決できず逆に800万円の借金を作り、ショックで泥酔してしまう。その尻ぬぐいに、妻・英理が依頼者の元へ出向くが、そこでなんと新一の母・有希子と出会うことに。しかも二人は高校時代「ミス帝丹」を競い合ったライバル同士だったのだ!!二人はコナンと共に、藤枝の命を狙う者を突き止めようと動きだす。だがその目の前で藤枝は、何者かに射殺されてしまう
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「黒の組織」の手がかりを求めて出島のデザイン事務所へ向かったコナンは、デザイン事務所社長・出島の毒殺事件に遭遇する。遺体の左手、ベルト、ハンカチ、そして直前に食べたハンバーガーから毒物反応が検出されるが、他のどこからも毒物の痕跡は見い出せない。その死のトリックをコナン、阿笠博士、灰原の3人が暴く。
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元太と歩美に数字の「5」に似た刻印を残した通り魔を、少年探偵団と佐藤、高木の両刑事が力を合わせ探しだす!刻印は自動車のエンブレムだということまでは分かったが、同じモデルの車を持った容疑者は3人いた。真犯人はいったい誰だ!?
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平次達と夏の高校野球決勝戦を見に来たコナンは、座席の下にあった携帯電話を拾う。落とし物だと思われたケータイに“甲子園の魔物”と名乗る謎の男から球場を巻き込む自爆予告の電話がかかってきた!自爆を止めるにはメールで送られてきた数字の暗号を解き、男の居場所を探し当てなければならない。タイムリミットの試合終了時までに数字の謎を解く事はできるのか!?
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最近、蘭の通う高校で頻発している幽霊騒動。その調査を買って出たコナンは、2年前に死んだ保坂という生徒の机が忽然と中庭に移動するという怪現象を目の当たりにする。雨上がりにも関わらず、足跡もなく中庭に置き去られた机。そして、そこに残されていた「我が恨み未だ消えず」という恨みの手紙。調査を続けるコナンたちは、保坂の友人でもあった塚本から「中庭には校長先生がいたはず」という目撃証言を得るのだが・・・
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阿笠博士と天体観測に出かけたコナンたちが、宿泊先のペンション付近で白骨死体を発見した。しかもその夜、宿泊客の天文雑誌編集者・二川が変死してしまう。双方の遺体のそばからは長さの違うタバコが数本発見され、このダイニングメッセージの謎を解いたコナンは・・・!?また事件解決後、意外なところに黒の組織に繋がるヒントが・・・
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ある女性から、不倫相手からメールが届く前になくした携帯電話を見つけ出してほしいと依頼された小五郎。だがその晩、彼女は何者かに殺害されてしまった。当然、小五郎と目黒警部は不倫相手を疑うが、コナンは彼女がジャージ姿で化粧もしていなかったことから、家族の中に犯人がいるのではと推理する
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夏休み。コナンと少年探偵団、阿笠博士のみんなは山のキャンプへ。博士と哀は、元太たちにお宝を用意していると言い、それを手に入れるカギとなる「マルムシニテント」という暗号を出題する。意外にもコナンも解けずに苦戦していたのだが、そのとき、海に行っている蘭と園子から連絡が届いて・・・
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